民國三十四年臺灣光復， 同年於彰化市政府民政科設置衛生股，以掌理衛生行政事宜，因感於公共衛生日趨重要，遂於民國三十五年十二月分別改制為彰化市衛生院﹝隸屬彰化市政府，置院長一人，職員十八人，不分課室﹞及台中縣衛生院﹝大縣制﹞以管理各鄉鎮衛生所。 迨民國三十九年十一月將彰化衛生院更改為隸屬於改制後之彰化縣政府，置院長一人，下分三課二室，並於各鄉鎮市設置衛生所，掌理鄉鎮市衛生行政事宜。

迄民國五十年七月，為配合實際業務需要，再度奉令改制為彰化縣衛生局，設六課三室。 嗣後於七十四年元月，因感於食品衛生業務日漸繁重，食品衛工作日趨重要，增加第七課成為七課三室，後因環保意識抬頭，乃於民國七十八年九月成立彰化縣環境保護局，將本局第二課環境衛生及公害防治業務移撥該局辦理。

後於民國八十九年依據彰化縣政府組織自治條例第十一條之規定，調整本局組織，設置醫政課、藥政課、食品衛生課、保健課、防疫課、檢驗課、企劃課及總務室、人事室、會計室、政風室共七課四室。附屬機關計有二十七個衛生所及慢性病防治所。並於民國九十二年為因應業務需要，將防疫課修編為疾病管制課，總務室修編為行政室，九十四年更將企劃課更改為企劃資訊課，藉由強化組織功能，建構一個專業化、效率化的優質服務機構。