| 課室名稱 | 職掌 |
|---|---|
| 醫政課 | 醫事機構及醫事人員管理、醫療品質管制、緊急醫療 救護、精神衛生、長期照護、全民健康保險宣導及其他有關事項 |
| 藥政課 | 藥局、 藥商、 藥物、 藥事人員、 化妝品管理及其他有關事項 |
| 食品衛生課 | 食品衛生、 健康食品管理、 國民營養、營業衛生管理及其他有關事項 |
| 保健課 | 婦幼衛生、 癌症防治、 職業病防治、 口腔衛生、 視力保健、 菸害防制、 衛生教育及其他有關事項 |
| 疾病管制課 | 傳染病防治、各項預防注射、結核病防治、愛滋病防治、外籍勞工健康管理及其他有關事項 |
| 檢驗課 | 公共衛生檢驗及其他有關事項 |
| 企劃資訊課 | 中老年病防治、衛生所業務管理、衛生企劃、研考、為民服務、資訊、法制作業及其他有關事項 |
| 行政室 | 文書、檔案、印信、庶務、出納及其他不屬各課、室事項 |
| 人事室 | 人事管理及人事服務事項 |
| 會計室 | 歲計會計、 統計事項 |
| 政風室 | 機關政風之相關事項:政風法令宣導擬定，不法情事之預防及處理等。 |
| 慢性病防治所 | 結核病防治專責機構，負責本縣結核病之預防保健治療及追蹤管理。 |
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