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- 醫政課
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醫事機構及醫事人員管理、緊急醫療救護、精神衛生、長期照護 - 藥政課
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藥局、藥物、化妝品管理 - 食品衛生課
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食品衛生、健康食品管理、菸害防制 - 保健課
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婦幼衛生、癌症防治、菸害防制、兒童保健等有關事項 - 疾病管制課
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傳染病防治（登革熱、腸病毒）、各項預防注射、結核病防治、愛滋病防治、外籍勞工健康管理等有關事項 - 檢驗課
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公共衛生檢驗 - 企劃資訊課
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衛生企劃、資訊、法制作業及中老年病防治（糖尿病、高血壓等） - 行政室
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文書、檔案、出納、採購及辦公廳舍管理 - 人事室
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人事管理及人事服務事項 - 政風室
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機關政風不法情事之預防及處理等 - 會計室
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歲計會計、 統計事項 - 聯合稽查隊
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稽查業務
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