ㄧ、內部品管
求精密度（Precision），由實驗室人員對執行檢驗業務的品質 所做的內部評估，以此判斷檢驗結果的可信度。主要目標在 確保每天的檢驗數據能維持在可被信賴的範圍，以及將隨機誤差量化。
二、外部品管
（ㄧ）實驗室品管及能力試驗：用以評估長時間實驗室品質之準確度。有兩種模式：
１、區域性的品管評估：主要為品管檢體供應廠商或專業協會主辦。
２、全面性的專業測試評估：如ＣＡＰ、 Accutest、Randox、ＡＬＭ中華醫檢學會能力試驗。
（二）實驗室間比對，決定個別實驗室能力，確定實驗室內的問題和矯正措施，建立新測試或量測方法的有效性和比較性，確認實驗室間的差異，決定方法之表現特 性，給予參考物質的指定值評估其適用性。
三、行政管理
年度必要執行的會議，如內部品管會議（每月１次），外部品管會議（每月１次），科務會議（每月１次），組長會議（不定期），文件審查會議（每週1次），內部稽核會議（每年１次）及管理審查會議（每年１次）等。
四、校正報告及結果之運用
儀器設備的允收標準為儀器設備的堪用指標，每一個儀器操作者應對所操作的儀器訂定一套堪用指標，以免以不適用儀器發出錯誤的報告還不自知。使用校驗液（品管液校正液）在儀器驗收時測試，校驗液品管液校正液)在儀器驗收時測試，校驗液的說明書的合格標準，可作為允收標準。另和以前的累次校驗結果做比較，用Westgard rule來做允收標準。
五、相關紀錄之管理
建立鑑別、蒐集、索引、 取閱、建檔、安全儲存、維護及銷毀品質與技術紀錄之程序。品質紀錄包括內部稽核與管理審查之報告，以及矯正與預防措施之紀錄，所有紀錄必須儲存在容易取得的地方，並應提供可防止人工毀損、自然損壞、遺失、或未經授權取得的環境。保留時間應依檢驗之性質，或在某些特例由法規的授權來定義，紀錄之修改須符合技術要求5.9之要求，在CNLA要求，實驗室的品質與技術紀錄應至少保留三年。
六、不符合性管制措施
將檢驗後的不符合性先加以定義，自檢驗結果產生後所發生的不符合事項，可歸類為檢驗後的不符合事項，包括品管結果、檢驗結果報告、檢體儲存處理等相關程序。發現不符合事項時，立即使用既定表單予以紀錄。依“矯正作業程序”和“預防作業程序”進行處理。
品質管理的效益是，提供對實驗室檢測報告的信心，提昇實驗室測試能力，並能帶動對測試品質的相關探討,如校正,測試標準及方法,量測不確定度,參考物質等的探討。
實驗室取得認證不僅是時勢所趨，更是檢驗專業能力的重要指標，近年來政府努力推動認證，並由經濟部輔導成立公正、客觀的認證機構－財團法人全國認證基金會（TAF），希望將認證的觀念全國推廣，TAF是國際實驗室認證聯盟的成員之ㄧ，隨著國際間的交流日漸增多，藉由相互認證，除了可以免除重複檢驗，避免浪費時間與金錢外，還可提升國際間商品交流的效益，提高國家競爭力。
本局檢驗課自2001年首次通過食品檢驗之防腐劑（己二烯酸、去水醋酸、苯甲酸）、抗氧化劑（BHA、BHT）、人工甘味劑（糖精）6項認證後，這幾年來不斷努力，希望能更提升檢驗品質，因此今（2007）年主動向TAF申請進行增項認證，項目為二氧化硫、色素及環己基（代）磺醯胺酸鹽，於今（97）年7月25日進行認證評鑑。
行政院衛生署藥物食品檢驗局自95年起推動中區檢驗聯合分工體系之後，本局為成員之ㄧ，此次增項認證通過後，分工負責之食品化學檢驗即全數通過認證，所發出的檢驗告具有公正、準確及公信力，檢驗品質與結果報告亦為各國所認可。
本局希望能精益求精，不斷進步，除了目前的認證項目之外，在經費與人力許可的範圍內，日後不排除增加微生物檢驗的認證，期許實驗室全面國際化，為消費者健康做更好的把關與服務。
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