近年來國人對咖啡的需求日益增加，但臺灣位處高溫多濕的氣候，若咖啡豆於去皮、包裝、運送、儲存等過程中溫溼度控制不當，則會造成黴菌滋長並生成赭麴毒素。
       赭麴毒素(Ochratoxin)是一種天然的黴菌毒素，為麴黴菌屬中Aspergillus ochraceus及Aspergillus carbonarius或青黴菌屬的Penicillium Verrucosum等黴菌所產生的次級代謝產物。赭麴毒素又可分為A、B、C、D四種，以赭麴毒素A (Ochratoxin A，OTA)毒性最強，研究指出其具有腎臟毒性、免疫抑制性、致畸胎性及致癌性（2B 級致癌物質），因此食品藥物管理署訂定食品中真菌毒素限量標準，將烘焙咖啡豆及其研磨之咖啡粉中赭麴毒素A限量標準訂為5 ppb以下，以維護民眾食用或飲用咖啡產品安全。
       咖啡生豆烘焙溫度常介於210~260℃之間，於此溫度下大多數的赭麴毒素會被破壞，倘若烘豆過程中環境擺放其他裝有咖啡生豆的麻布袋或開放式地朝向街道，烘焙好的咖啡豆還是可能受到空氣中的黴菌污染，並於包裝後再度滋生赭麴毒素，因此選購咖啡產品時應選擇信譽良好、乾燥完全且包裝完整之產品，儲存環境避免潮濕，開封後要注意產品之保存，儘量隔絕空氣中的水氣進入，不要放太久，發現有異狀時即應丟棄不要食用，如此才能確保產品之衛生安全，安心享用咖啡的美味。