疾管署監測資料顯示，國內今(2021)年截至目前共18例確定病例，個案居住地分別為台中市4例、台南市3例、屏東縣、彰化縣各2例；宜蘭縣、花蓮縣、雲林縣、高雄市、基隆市、南投縣、嘉義縣各1例，個案活動地附近均有高風險環境；2017至2020年全國同期確定病例數分別為22、35、20及21例，以40歲以上成人較多，惟各年齡層都有感染風險，民眾不可掉以輕心。
臺灣每年5至10月為日本腦炎流行季，其中6至7月為流行高峰。在臺灣以三斑家蚊、環紋家蚊及白頭家蚊為主要病媒蚊，常孳生於水稻田、池塘及灌溉溝渠等處，吸血高峰為黃昏與黎明時段。大部分的人感染日本腦炎後大多無明顯症狀，少數會有頭痛、發燒或無菌性腦膜炎，嚴重則可能出現意識改變、對人時地不能辨別、全身無力、腦神經功能損傷、輕癱等，甚至昏迷或死亡。請民眾儘量避免於病媒蚊吸血高峰時段，在上述易孳生病媒蚊之高風險環境附近活動；如果無法避免，應穿著淺色長袖衣褲，並於身體裸露處使用政府機關核可，含敵避(DEET)、派卡瑞丁(Picaridin)或伊默克(IR3535)成分的防蚊藥劑。
衛生局呼籲，預防日本腦炎最有效的方法為接種日本腦炎疫苗，提醒民眾應按時帶家中滿15個月以上的幼兒至各地衛生所或合約院所接種疫苗，以避免因感染衍生嚴重後遺症。住家或活動地鄰近豬舍、水稻田等高風險環境的民眾應加強防蚊，如自覺有感染風險的成人，可前往旅遊醫學門診評估自費接種疫苗。相關資訊可至疾管署網站(https://www.cdc.gov.tw)或撥打免付費防疫專線1922(或0800-001922)洽詢。