由歷年監測資料顯示，腸病毒在臺灣地區為一季節性流行疾病，疫情發生具有週期性，因此依歷年監測資料，界定平常時期與作戰時期之標準，據以訂定相關應變策略。
一、平常時期：以下條件均符合時
1.定點醫師通報腸病毒（含手足口病與疱疹性咽峽炎）病例比率，未連續兩週高於全國流行閾值。
2.腸病毒71 型分離率未連續兩週超過過去三年同期平均值。
3.合約實驗室監視系統未偵測到克沙奇病毒 B2~5 型或伊科病毒6、9、11型等其中之一，或偵測到該等型別病毒，但其分離率低於過去三年平均值。
4.腸病毒重症通報病例數，未連續兩週高於過去五年中通報病例數最多之三年同期平均通報病例數。
二、作戰時期：符合以下條件其中之一
1.定點醫師通報腸病毒（含手足口病與疱疹性咽峽炎）病例比率，連續兩週高於全國流行閾值。
2.腸病毒71型分離率連續兩週超過過去三年平均值。
3.合約實驗室監視系統偵測到克沙奇病毒B2~5型或伊科病毒6、9、11型等其中之一，其分離率超過過去三年平均值，且該型別過去三年未曾造成大流行。
4.腸病毒重症通報病例數，連續兩週高於過去五年中通報病例數 最多之三年同期平均通報病例數。
針對平常時期與作戰時期各準備與應變工作項目〈如附件〉

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