食品安全是消費者最關心的話題，為了監測市面上食品的品質、衛生與安全，衛生局配合衛生福利部食品藥物管理署的後市場監測計畫，針對市面販售的食品，定期進行稽查抽驗，辦理安全監視與風險評估等食品後市場監測機制，藉此守護縣民食的安全。
    後市場監測主要針對潛在危害大、風險比較高、危害有升高趨勢的產品，優先納入監測，例如: 稻米中重金屬含量、蔬果中農藥殘留、禽畜水產品的動物用藥殘留、真菌毒素，以及包裝食材器具是否溶出塑化劑等納入監測項目。
     對於監測結果不合格產品，由衛生局採取行政措施及發布相關訊息，亦對相關業者進行輔導或行政處分，以保障消費者權益與健康。食品安全管理首重預防而非善後處理，亦即著重源頭管理，特別是與民生日常息息相關的農藥殘留及動物用藥殘留等議題，在風險管理的原則上，讓生產者承擔生產安全食品的主要責任，如此不僅可以減少政府的負擔，亦可提升食品的安全，衛生局亦會持續對市售食品進行抽驗監測分析。