日本腦炎病毒屬黃病毒科（Flaviviridae）、黃病毒屬（Flavivirus），病毒直徑約40-50 nm，為單股具有脂質套膜（envelope）之RNA 病毒。流行季節為每年5至10月，病例高峰期通常出現在6至7月。
       日本腦炎是藉由蚊子傳播的傳染病，屬人畜共通傳染病，當蚊子叮咬受感染的動物後再叮吮人類，便會將病毒注入人體造成感染。潛伏期通常為5至15天，大部分患者為無症狀感染，少部分輕微病例會產生頭痛、發燒或無菌性腦膜炎等症狀，嚴重者則出現急性腦炎、精神、神經性後遺症，甚至死亡。
       常見檢驗方法有：(一)病毒分離，自臨床檢體（組織、腦脊髓液或其他體液）分離並鑑定出日本腦炎病毒。(二)病毒核酸檢驗，以分子生物學技術，偵測檢體中是否存有日本腦炎病毒之特定基因片段。(三)血清抗體檢驗，偵測日本腦炎病毒特異性抗體IgM或IgG 抗體(≧4 倍上升)。
       日本腦炎病毒預防方法如下:（一）民眾依規定時程，接種日本腦炎疫苗。（二）居家環境安裝紗窗、紗門、使用蚊帳，並定期清除病媒蚊孳生源，破壞病媒蚊棲息地。（三）盡量避免在病媒蚊活動高峰期，於動物畜舍或病媒蚊孳生地點進行活動。若無法避免，建議穿著長袖長褲，並於身體裸露處塗抹防蚊藥劑，藉此避免蚊蟲叮咬，降低感染風險。