依據衛生署疾病管制局資料，本(99)年台灣地區日本腦炎確定病例數已累計25例，6-7月本縣亦發現3例，其中二名為成年人，分別為35歲及28歲男性；另一名為15個月大幼兒剛屆疫苗施打之年齡，但尚未施打。三名個案居住不同鄉鎮，目前皆已康復出院。依據本縣95年至99年日本腦炎病例資料顯示95年4例、96年0例、97年2例、98年1例及99年迄今為止共3例；發病月份以6~8月居多，顯示6~8月為流行高峰期，衛生局呼籲民眾施打疫苗和注意防蚊措施。
　　臺灣日本腦炎病例集中在5月至10月，高峰期通常出現在6月至7月，致死率可達20%-30%，存活病人有些亦有嚴重後遺症，根據疾病管制局近5年資料統計，日本腦炎病例中，有16%出現後遺症，主要為肌肉張力不正常、語言障礙及智力失常等。
　　為因應流行期，日本腦炎疫苗每年集中接種時間為3月至5月，可延長至9月；年滿15個月幼兒，應接受2劑注射，其間相隔2週，隔年接種第3劑，小學一年級時再追加接種一劑。衛生局再次呼籲民眾尚未完成日本腦炎疫苗接種之適齡幼兒，家屬應儘速帶幼兒前往衛生所或指定醫療機構完成接種，並避免於黃昏與黎明等病媒蚊活動的高峰期，在豬舍或病媒蚊易孳生地點附近活動。若無法避免，請穿長袖衣褲，身體裸露處塗抹衛生署核可之防蚊藥劑，做好相關防蚊措施，避免蚊蟲叮咬，以降低感染風險。工作或生活中有感染之虞的成人，如養豬場等工作人員，可前往署立醫院自費接種疫苗，共需接種3劑，即能達到保護效能。
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