健康食品管理法於95年5月17日總統華總ㄧ義字第09500069821號令公布修正部分條文，此為該法自88年8月3日實施6年多來第一次大幅修正，主要修正內容包括明確定義更符實際、雙軌登記制、提高宣稱罰則及加重傳播業者責任為主。
一、明確健康食品定義：以宣稱行為定義健康食品並將保健功效宣稱明定為增進民眾健康、減少疾病危害風險且具有實質科學證據之功效，非醫藥效能，且該類功效應經衛生署公告指定。
二、推行雙軌查驗登記制度：即保留現行的個案審查制度，同時也開放產品規格標準查驗登記制度，即產品符合衛生署訂定之規格標準，即可通過，並可依據所定之功效宣稱訴求，此項措施預計將有更多產品取得健康食品許可。
三、提高違規宣稱罰則：將現行違反標示及廣告有關誇大不實的罰則從6-30萬元提高至10-50萬元，另將涉及療效部分更修正為40-200萬元。一年內再次違反者，並應廢止其營業或工廠登記證照。
四、加重傳播業者責任：延長傳播業者應保留委託刊播者資料之時間，從原來的2個月提高至6個月。另將接獲違規廣告通知之停刊時間下修為次日起應停刊（原為3日），違者將處12-60萬元（原為6-30萬）。
衛生局葉彥伯局長強調，衛生單位將秉持健康食品管理法之主要二大精神--保障合法與嚴懲非法，據以執行，並呼籲相關業者應避免觸犯規定而受罰。